Kultūrinis Estijos ir Lietuvos bendradarbiavimas yra vienas svarbiausių dvišalio bendradarbiavimo sričių. Ambasados Vilniuje ir Taline aktyviai veikia pristatydamos savo šalies kultūrą.
Glaudžiai bendradarbiauja Lietuvos ir Estijos menininkai, darbinius santykius vysto abiejų šalių muzikai. Baltijos valstybės dažnai bendrai pristato savo kultūrą įvairiuose festivaliuose užsienyje (Didžiojoje Britanijoje, Prancūzijoje, JAV, Vokietijoje).
Lietuvos simfoninis orkestras ir Estijos muzikantai dažnai atlieka pasaulyje garsių Estijos kompozitorių (Arvo Pärt, Lepo Sumera, Erkki-Sven Tüür, ir kt.) kūrinius Lietuvos nacionalinėje filharmonijoje. Estijos filharmonijos kamerinis orkestras yra koncertavęs Lietuvoje. Yra buvę nemažai bendrų šiuolaikinės muzikos koncertų.
Trijų valstybių Švietimo ministerijos yra pasirašiusios sutartį, pagal kurią tarpusavyje pripažįstami aukštojo mokslo diplomai, taip sukuriant palankias sąlygas studijoms Baltijos valstybių universitetuose.
Vilniaus Universitete galima mokytis estų kalbos. 2004 m. Vilniaus Universiteto rektorius profesorius B. Juodka ir Estijos Ambasadorius A. Tropp pasirašė bendrą susitarimą dėl estų kalbos auditorijos. Kalbos klasė buvo suremontuota ir šiuolaikiškai įrengta vietinių estų verslininkų pagalba.
Aktyviai bendradarbiaujama sporto srityje. Tarp Estijos ir Lietuvos Kultūros ministerijų yra pasirašytas abipusis bendradarbiavimo susitarimas sporto srityje.