Estijos ir Lietuvos santykius charakterizuoja panašūs užsienio politikos prioritetai bei narystė Europos Sąjungoje ir NATO. Dėl to abiejų valstybių tarpusavio bendradarbiavimas ir santykiai yra labai artimi. Reguliariai susitinka abiejų valstybių prezidentai, vyriausybių vadovai ir užsienio reikalų ministrai. Be to Estijos ir Lietuvos aukščiausių valstybės pareigūnų susitikimai vyksta įvairių Baltijos valstybių bendradarbiavimo organizacijų ir struktūrų bei tarptautinių forumų metu. Bendravimas yra aktyvus ir žemesniu lygiu – ministerijų ir kitų valstybinių institucijų lygmenyje. Estijos ir Lietuvos santykius galima nagrinėti ir trijų Baltijos valstybių bendradarbiavimo rėmuose – daugelis Baltijos valstybių tarpusavio bendravimą reguliuojančių sutarčių yra trišalės.
Estija ir Lietuva diplomatiniais atstovais apsikeitė jau 1919 m. Martas Tarmakas nuolatiniu Estijos atstovu Vilniuje pradėjo dirbti 1990 m. balandžio 30 d. Diplomatiniai santykiai tarp abiejų šalių buvo atkurti 1991 m. rugpjūčio 22 d. Estijos pirmoji ambasadorė Lietuvoje Valvi Strikaitienė įteikė skiriamuosius raštus 1992 m. birželio 2 d. Nuo 2020 metų rugpsėjo 4 d. Estijos ambasadorė Lietuvoje yra Kai Kaarelson. Lietuvos ambasadai Estijoje nuo 2022 m. rugsėjo 27 d. vadovauja ambasadorė Raimonda Murmokaitė.
Birute Klaas-Lang, Tartu universiteto profesorė ir estų kalbos tarybos pirmininkė, Estijoje eina Lietuvos Respublikos garbės konsulo pareigas, apimančias Tartu ir Tartu apskrities konsulinį regioną.
Estijos garbės konsulų pareigas Lietuvoje eina Žaneta Simanavičienė (Kauno, Marijampolės ir Alytaus apskritys) ir Gintaras Sluckus (Šiaulių, Panevėžio ir Utenos apskritys) bei Arnoldas Šileika (Klaipėdos, Telšių ir Tauragės apskritys).